Салықтық тексеру – ҚР Салық заңнамасының нормаларының орындалуы бойынша Салық органы жүзеге асыратын тексеру болып табылады.

Салықтық тексерулердің қатысушылары - нұсқамада көрсетілген лауазымды тұлғалар және салық төлеуші ​​ болып табылады.

Егер тексеру барысында арнайы білімді және дағдыны талап ететін сұрақтар туындаса, салық органы осындай арнайы білімі бар маманды салықтық тексеруге тартуға құқылы, бұл жағдайда тексеруге тартылған маман қойылған сұрақтар бойынша қорытынды жасайды, көрсетілген қорытынды салықтық тексеріске қоса беріледі.

Салық тексерулері мынадай нысандарда жүзеге асырылады:

1. Кешенді тексерулер;

2. Тақырыптық тексерулер;

3. Қарсы тексерулер;

4. Хронометражды зерттеп қарау.

Сонымен қатар салықтық тексерулер келесі түрлерге бөлінеді:

Тәуекел дәрежесін бағалау негізде арнайы тәртіппен жүргізілетін мерзімді салықтық тексерулер және жоспардан тыс салықтық тексерулер.

Салық төлеушіге нұсқаманы табыс етілген күн салықтық тексерудің жүргізілуінің басталуы болып саналады. Ал нұсқаманы алудан бас тартқан жағдайда салық төлеушінің (салық агентінің) нұсқамаға қол қоюдан бас тартуы туралы акт жасалады.  Акт жасалған күн тексерудің басталу күні болады.

Бұл ретте салықтық тексеру жүргізу кезінде салық органының лауазымды тұлғалары салық төлеушіге қызметтік куәлігін көрсетуге міндетті.

Лауазымды тұлға салық төлеушіге нұсқаманың түпнұсқасын табыстау қажет. Нұсқаманың екінші данасына салық төлеушінің қолы қойылады (нұсқамамен танысу және қабылдау туралы, нұсқаманың келіп түскен күні мен уақыты туралы).

Салық заңнамасында салық тексерулерін жүргізу мерзімдері белгіленеді:

Нұсқамада көрсетілген салықтық тексеруді жүргізу мерзімі нұсқаманы тапсырған күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс.

Салық тексеруін жүргізу мерзімі ұзартылуы мүмкін:

1) құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, жеке кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында тұрғылықты жері біреуден аспайтын кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін:

- салық тексеруін тағайындаған салық органымен - қырық бес жұмыс күніне дейін;

- жоғары тұрған салық органы бойынша - алпыс жұмыс күніне дейін;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ мониторингке жататын ірі салық төлеушілер үшін:

- салық тексеруін тағайындаған салық органымен – жетпіс бес жұмыс күніне дейін;

- жоғары тұрған салық органымен - жүз сексен жұмыс күніне дейін.

Уәкiлеттi орган немесе Қазақстан Республикасы Қаржы министрлiгiнiң Мемлекеттiк кiрiс комитетi салық төлеушiлер үшiн салықтық тексеру кезеңiн ұзарта алады:

1) құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, жеке кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында тұрғылықты жері біреуден аспайтын кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін – алпыс жұмыс күніне дейін;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында тұрғылықты жері біреуден асатын кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ мониторингке жататын ірі салық төлеушілер үшін– жүз сексен жұмыс күніне дейін.

Тексеру мерзімі салық төлеушіге мәліметтер мен құжаттарды ұсыну туралы талабын тапсырған күн мен салық төлеуші ​​сұратылған құжаттарды ұсынған күн аралығындағы уақыт кезеңіне тоқтатыла тұруы мүмкін.

Салық төлеуші ​​салықтық тексеру жүргізу барысында салық органының құжаттарды ұсыну туралы талабына, құжаттарды немесе құжаттардың бір бөлігін ұсынбаған жағдайда, салық төлеушіге​​ көрсетілген құжаттарды қалпына келтіруге, сондай-ақ салықтық тексеруді тоқтата тұру туралы хабарлама міндетті түрде табысталады.

Салық органының талабын «Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы» Қазақстан Республикасы Кодексінің 161-бабына сәйкес табысталған күннен кейінгі күннен бастап 30 жұмыс күні ішінде орындалуға тиіс.

Салық органының талабы бойынша тексеру жүргізу үшін қажетті құжаттарды ұсынбаған салық төлеуші ​​ұсынбау себебін жазбаша түрде түсіндіруге міндетті, бұл ретте салық органдары талапты орындамағаны үшін ӘҚБтК-нің  288 бабы бойынша әкімшілік жауапкершілікке тартады;

Сондай-ақ салықтық тексеріс салық органының басқа мемлекеттік органдарға, банктерге және өзге де ұйымдарға сұрау хатын жолдаған күннен бастап және көрсетілген сұрау хатқа мәліметтер мен құжаттарды алған күнге дейін тоқтатыла тұруы мүмкін.

Сондай-ақ салықтық тексеру кезеңі шет мемлекеттерге ақпарат беру туралы сұрау хатын жіберілген күн мен халықаралық шарттарға сәйкес салық органдары ол туралы ақпаратты алған күн арасындағы уақыт кезеңіне де тоқтатыла тұрады.

Бұл ретте салықтық тексеруді жүзеге асыратын салық органы салық төлеушіге (салық агентіне) салықтық тексеруді тоқтата тұру немесе қайта бастау туралы хабарламаны қолын қойғызып немесе хатпен почта арқылы, тоқтатқан немесе қайта бастаған күннен бастап үш жұмыс күні ішінде құқықтық статистика органына хабарлай отырып жіберуге міндетті.

Құжаттар мен мәліметтерді ұсыну туралы сұрау талабын табыстағанға байланысты тоқтатылған кезең салықтық тексеру кезеңіне кірмейді:

1) мониторингке жататын ірі салық төлеушілер;

2) резидент-заңды тұлғаның, бейрезидент-заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесінің таратылуына, бейрезидент-заңды тұлғаның Қазақстан Республикасында тұрақты мекеме арқылы жүзеге асыратын қызметін тоқтатуына, дара кәсіпкер қызметінің тоқтатылуына байланысты жүргізілетін;

3) заңды тұлғаларды трансферттік баға белгілеу мәселелері бойынша тақырыптық тексерулер;

- қайтаруға ұсынылған қосылған құн салығының сомаларының дұрыстығын растайтын тақырыптық тексерулер;

- бейрезиденттің салықтық өтініші негізінде салық агенттерін бюджеттен табыс салығын қайтару мәселесі бойынша тақырыптық тексерулер;

- салық төлеушiнiң (салық агентiнiң) тексеру нәтижесі туралы хабарламаға шағымын қарау бойынша тақырыптық тексерулер;

4) Қазақстан Республикасының қылмыстық іс жүргізу заңнамасында көзделген негіздер бойынша жүзеге асырылса;

5) салық органы салық тексерулерін жүргізу кезінде салық төлеушіден (салық агентінен) құжаттарды (мәліметтерді) ұсынуды талап еткен жағдайда;

6) салық төлеушiге алдын ала салықтық тексеру актiсi табысталып, сондай-ақ салық органы салық төлеушiнiң алдын ала актісіне жазбаша қарсылығын қараған жағдайда.

Қарсы тексеруді қоспағанда, құжаттамалық тексеру жүргізу мерзімі:

1) құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғаларға, дара кәсіпкерлерге және қызметін Қазақстан Республикасында бір жерден аспайтын тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттерге – алпыс жұмыс күні;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында орналасқан жері біреуден асқан жағдайда қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін, сондай-ақ мониторингке жататын салық төлеушілер үшін – жүз сексен жұмыс күні;

Нұсқамада көрсетілген мерзімде хронометраждық тексеру жүргізген кезде 30 жұмыс күнінен аспауы тиіс, егер тексерілетін салық төлеуші қызметін демалыс және мереке күндері жүзеге асырған болса қосылады. Хронометраждық тексеріс салық төлеушінің жұмыс кестесіне сәйкес тәулік уақытына қарамастан жүргізілуі мүмкін.